深圳市中医院始建于1975年，包含光明院区、福田院区、针灸医院和科教中心“一院四区”，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国医之窗中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995年成为全国首批三级甲等中医医院；1998年成为广州中医药大学首家非直属附属医院；2012年成为广州中医药大学第四临床医学院；2019年成为南京中医药大学附属深圳医院；2021年入选广东省高水平医院重点建设医院。在国家三级公立医院绩效考核连续两年获得国家监测指标等级A+，通过国家互联互通标准化成熟度五级乙等，是全国目前唯一通过六级电子病历评审的中医医院。

医院现有职工2500余人，其中卫生技术人员2300余人，高级职称600余人，国家、省、市名优中医近60人。医院医疗设备总值超过8亿元，拥有多台科研型MRI和CT机、数字一体化手术室、3D腹腔镜、四维高端彩超等高精尖医疗设备。目前，医院年门急诊量210万余人次，开放床位近1000张，年出院病人4万人次。医院是华南区中医肝病诊疗中心联盟、深圳市中医医疗联盟、深圳治未病联盟、深圳市中医男科医疗技术专业联盟、粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心抗痛风联盟、深圳市中医护理区域联盟牵头单位。

医院已形成国家、省、市重点专科梯队，现有卫健委国家临床重点专科2个（肝病科、肾病科）；国家中医药重点学科2个（中医肝胆病学、中医肾病学）；国家中医重点专科3个（肝病科、肾病科、针灸科），国家中医重点专科建设单位3个（脾胃专科、内分泌专科、神志专科）；省高水平临床重点专科5个；省中医名科4个；省中医重点专科19个；深圳市医学重点学科1个；市中医重点专科25个。

医院获批国家中医药传承创新工程重点中医医院、国家区域中医诊疗中心（肝病），粤港澳大湾区中医药临床传承创新研究中心。拥有国家中医药管理局中医药科研三级实验室——临床细胞分子生物学实验室、国家药物临床试验机构（获认定8个专业）、国家医疗器械临床试验机构（备案36个专业）、中华中医药学会临床药师培训基地、深圳市民生重点实验室——针灸现代应用研究实验室、深圳市中药制剂研究重点实验室、3个深圳市医学创新平台建设项目。在研课题160余项，医院牵头承担“十一五”、“十二五”、“十三五”科技重大专项各1项；国家自然科学基金科研课题40余项，获国家、省、市科技进步奖30余项。现有29位博士生导师、122位硕士生导师，有36个临床教研室，已形成博士、硕士、本科多层次的教学体系。

医院开展中医“固本强基”工程，培养铁杆中医，树立“心中有爱，服务有情”的服务理念和“大医精诚，悬壶济世”的医德观，形成和谐的工作氛围，多次在广东省组织的医院满意度和医德医风测评中名列前茅，被媒体誉为“医德医风好，医疗质量高，医疗费用相对低廉，是市民信得过医院”。